根据靖国神社官方文献记载，靖国神社的主祭神是在戊辰战争、佐贺之乱、西南战争等日本国内战争和日清战争（清日甲午战争）、北清事变(八国联军)、日俄战争、第一次世界大战、満洲事变（九一八事变）、支那事变（七七事变）、大东亚战争（第二次世界大战）等对外战争中为守护国家而牺牲的246万6千余人的灵魂，神社方面称之为“靖国大神”。靖国神社供奉的人士包含维新志士吉田松阴、高杉晋作、坂本龙马。

神社内供奉死者近二百五十万，故并没有骨灰或牌位，而只是将死者的姓名和资料记录在《霊玺簿》（旧称《祭神簿》）之上。死者的灵魂计算单位为“柱”，作为祭神的死者在姓名后加上“命”字尊称,如“山本五十六命”。

根据靖国神社列出的祭祀名单，靖国神社祭祀的有阵亡的军人、参加战场救护工作时死亡的医护人员和女学生、于学生动员中在军需工场死亡的学生、在战争中死亡的军属、文官、民间人士等，也有出身台湾及朝鲜半岛而作为日本军人阵亡的人、被俘在押过程中病死或负伤回国后死亡的军人等，还包括在第二次世界大战结束后作为战争罪犯被处决的人。

对于这些身份、功勋、性别不同的人，神社方面声称要无差别地作为“为祖国殉难的尊神（靖国大神）”而一律平等地祭祀。神社方面声称“靖国神社唯一的目的是“慰藉并彰显为国家献出生命的人们””，并声称“靖国神社祭祀的246万6千余柱神灵，在“为了守护祖国的公务而死亡的人们的灵魂”这一点上是共通的”。

但是，1965年7月，由当时的宫司筑波藤磨提案、在拜殿左侧建造了名为“镇灵社”的小建筑，祭祀嘉永6年（1853年）以来的战争中本殿内没有祭祀的灵魂。靖国神社的文献显示“镇灵社的御祭神是奉慰的对象，御本殿的御祭神是奉慰顕彰的对象”，有了明确的差异。

对于靖国神社供奉战争罪犯和出身台湾、朝鲜半岛的日本军人，中国大陆、台湾、北朝鲜、韩国和日本国内都有反对意见，尤其是中国大陆和韩国强烈不满“供奉战争罪犯”。

阵亡者组成

截至2006年，靖国神社祭祀着约246.65万名在戊辰战争以来历次战争中为日本政府(或者天皇)战死的人（不包含幕府、西乡隆盛势力的战死者）。

戊辰战争：7751

西南战争：6971

甲午战争：13619

台湾讨伐：1130

义和团事变：1256

日俄战争：88429

第一次世界大战：4850

五三惨案：185

九一八事变：17176

中日战争（1937—1941）：191250

中日战争（1941—1945）及太平洋战争：2133915

其他：41

合计：2466532

甲级战犯：有14位经远东国际军事法庭审判的甲级战犯供奉在靖国神社。分别为：东条英机、土肥原贤二、松井石根、木村兵太郎、广田弘毅、坂垣征四郎、武藤章、松冈洋右、永野修身、白鸟敏夫、平沼骐一郎、小矶国昭、梅津美治郎、东乡茂德。

乙级丙级战犯：2000名

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