历史长河流入公元前第二个千年以后，在外来敌对势力无情的打击下，乌尔王国很快处于崩溃的边缘，内部的纷争也没完没了。

众所周知，和平时期文官地位高，而战争时期则武将地位高。当第三王朝的末代国王伊比辛在位时，苏美尔大将伊什比埃拉在易欣城发动叛乱，自立为王，并得到了许多其它城市的拥戴。随即不久，乌尔城便被闪米特军队攻破，乌尔第三王朝灭亡了。好在伊什比埃拉不光善于策划政变，也比较会打仗：他很快将闪米特人赶出了乌尔城，此后暂时恢复了乌尔王国的旧有疆域。

可惜苏美尔人天生就互不服气，互不买账，等伊什比埃拉一死，各个城市又纷纷宣告脱离易欣王朝独立，其中最强大的要数拉尔萨城邦。苏美尔人这种内部不团结的劣根性，给了亚述人进攻的天赐良机，他们于公元前1800年左右大举发动扩张战争，占领了包括尼尼微、马里在内的美索不达米亚北部和中部；与此同时，印欧语系的赫梯人在安纳托利亚高原和叙利亚的势力越来越强，伊朗山区的几个民族也纷纷西进，好不容易复兴起来的苏美尔民族，眨眼间又处在了亡国灭种的险境。

在赫梯人对美索不达米亚地区统治800年以后，闪米特人的另一支亚述人（大约是今库尔德人）决定首先打通本土朝向地中海的道路，于是和赫梯人在勒万特北部打了起来，后来巴比伦人又乘机在亚述的后院点火，结果大大延长了苏美尔民族的寿命。可闪米特人在内战中改进了不少军事技术，比如战车车轮的结构变得更加轻便了，行动起来更加灵活，而苏美尔人在内战中却什么都没学会，这就敲响了他们最后的丧钟。

乌尔第三王朝(公元前2113年――公元前2006年)古提人退回北方山区后，由乌尔纳木所建，乌尔纳木加强君主专制，使原来如同国王一工般的恩西，降为总督，世袭权力也被夺走，只能由国王任免，乌尔纳木颁布了《乌尔纳木法典》这部法典是两河流域已知最早的法典，关于社会政治经济方面多有涉及。这部法典也是对当时政治经济现状的反应，然而由于年代久远，法典内容残缺不全。在当时这部法典，对巩固奴隶制制度，财产关系，和加强王权有重要的作用。

在乌尔第三王朝时期，王室经济在全国经济中占有重要地位，同时私人经济与商品货币关系也发展很快，当然，这同样导致了乌尔第三王朝国内阶级的分化与阶级矛盾的产生。

公元前1793年，闪米特一支的阿摩利人汉穆拉比大帝在巴比伦即位，美索不达米亚平原上新的统一战争开始了；公元前1763年，最后一位苏美尔民族的君主瑞穆辛的首都拉尔萨城被巴比伦军队攻陷，从此以后，苏美尔人便在历史上销声匿迹了。

历史上，苏美尔文明灭绝的原因很多。传统说法是外部以希腊和伊斯兰为代表的新兴文明征服和取代了年迈的古文明。现今生态考古学提出：过度农业开发恶化了两河流域先天不足的生态环境。

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