科学家使用DNA测序技术对古老林鼠巢穴进行分析可以了解地球过去

据cnBeta：上周四发表在《生态与进化》杂志上的一项研究，科学家使用DNA测序技术对由植物、昆虫、骨头、粪便和尿液组成的古老林鼠巢穴进行分析，这可以使他们了解地球的过去。该研究可以帮助科学家更好地了解植物群落以及潜在的动物，细菌和真菌对气候变化的反应。

美国自然历史博物馆博士后迈克尔·泰斯勒（Michael Tessler）在一份声明中说道：“啮齿类动物的栖息地是古生态学的有力工具。我们想看看我们如何利用这一宝贵资源，并扩大其用途，以便使我们全面了解在1000年前，10000年甚至30000年前美洲生物的情况，并衡量从那以后发生的变化。”

林鼠是夜间啮齿类动物，它们使用植物材料在干燥的洞穴中筑巢。它们的尿液有助于使巢在一起。这样可以将巢穴保存数万年，其中一些可以追溯到最后一个冰河时代之前。由于林鼠的觅食范围有限，它们的巢穴由代表收集物料时当地环境的内容物组成。该研究称，这可以为我们提供有关先前环境和气候的线索。

斯通希尔学院的副教授罗伯·哈伯特（Rob Harbert）在声明中说道：“中间的内容保存得非常好，以至千年来都可以提取和分析古代DNA的片段。它们被用来识别阿根廷南部保存的一种灭绝的地懒，向我们介绍加利福尼亚大角羊的历史，并提供过去27000年林鼠感染乳头瘤病毒的证据。”

哈伯特补充说，整个美洲的化石中部地区可以使我们“通过时空对整个社区进行概括性描述”，但我们首先需要改善对沉积物数据进行分析的方式-这是研究的主要目标。研究人员分析了25个装满300至48000年历史的老鼠中间样本的DNA，这些样本来自爱达荷州的岩石城国家自然保护区和墨西哥北下加利福尼亚的瓜达卢佩峡谷。科学家专注于一种用于比较DNA的测序技术-shotgun，该技术随机选择DNA片段进行测序。他们发现，林鼠巢穴废物堆可追溯到32000年前，其可回收的DNA与沉积物中发现的化石一致。

由于tshotgun技术对DNA的随机位进行测序，因此研究人员需要拥有可靠的数据库才能将序列与生物匹配。如果没有关于该生物体的任何数据，则它们只会得到最接近的匹配项或没有匹配项。除了DNA降解外，这还使研究人员只能将DNA片段仅与家族水平匹配，而不与属或物种分组匹配。

哈伯特说道：“随着DNA测序成本的不断降低和计算能力的提高，使用这种技术的前景将大大改善。对废物堆生物分类学的进一步研究可以使我们对过去气候变化，物种迁移和灭绝的时间表有所了解，这将更好地为当前和未来气候变化的影响提供研究信息。”

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